Il vécut à Paris en l'an 1313 un homme qui allait du nom d'Andreas Saint-Loup, mais que d'aucuns appelaient l'Apothicaire, car il était à la fois le plus illustre et le plus mystérieux des préparateurs de potions, onguents, drogues et remèdes que l'on pût trouver dans le pays tout entier. »

Un matin de janvier, cet homme érudit découvre dans sa propre maison une pièce qu'il avait oubliée – une pièce que tout le monde avait oubliée. Rapidement, il comprend que vivait jadis ici une personne qui partageait sa vie, mais qui, à présent, a mystérieusement disparu de toutes les mémoires.

L'Apothicaire, poursuivi par d'obscurs ennemis, accusé d'hérésie par le roi Philippe le Bel, pourchassé par l'Inquisiteur de France, décide alors de partir à la recherche de son propre passé, de Paris à Compostelle, et de Compostelle au Mont Sinaï… au risque de disparaître à son tour.