Plastisch chirurg Tomas Augustus zit gevangen in zijn huwelijk als hij tot zijn eigen verbazing verliefd wordt op de veel jongere Maria. Voor het eerst begint hij te twijfelen aan de leugen die hij leeft, maar net nu Tomas kans ziet op een nieuw begin wordt het land lamgelegd door een dodelijke en uiterst besmettelijke ziekte. Tomas is een van de weinige overlevenden. Verscholen in zijn huis vertelt hij het verhaal van een man die een leven lang niet werd geraakt, en toen plotseling wel.
Quarantaine is het beangstigende verhaal van een heel land op slot en van een cynicus die laat, misschien wel te laat, leert wat het betekent mens te zijn.